W sprawie od początku majaczyło sporo nieścisłości i zagadek: miejsce zbrodni wyglądało na zaaranżowane, sprawca upozorował włamanie, niczego nie ukradł. Meredith podcięto gardło. Jej pokój był zamknięty na klucz, co mogło świadczyć o tym, iż napastnik miał do nich dostęp. Ciało było starannie przykryte, co z kolei zdaniem śledczych wskazywało na winę (lub współodpowiedzialność) kobiety. A to Knox dotarła na miejsce pierwsza, o świcie, po nocy spędzonej u Raffaele’a. Drzwi do domu zastała otwarte na oścież. Mimo to – i mimo śladów krwi tu i ówdzie – wzięła prysznic i z początku nie wpadła w panikę. Wszystkie te okoliczności działały potem na jej niekorzyść. Pierwsze zeznania próbowała składać po włosku, co też niespecjalnie pomogło. Amanda została skazana na 26 lat więzienia we Włoszech, Raffaele na 25.
Historia wraca od czasu do czasu głównie dzięki zwrotom akcji (w USA i przed włoskim obliczem sądu) i wysiłkom samej Knox, która wielokrotnie przedstawiała „własną wersję wydarzeń”.